在R中使用HDBSCAN进行可视化,将数字标签替换为文本标签

我正在尝试通过largeVis包在R中运行HDBSCAN算法。为了可视化聚类,我使用了largeVis中的gplot函数。我能否将图表中数据点的标签从整数改为字符串?我使用的是经过“class”列稍作修改的Iris数据集,并将“class”列用作行标题。是否可以在我当前的图表中显示行标题而不是节点编号?

x1 <- iris[,-5]row.names(x1) <- paste0("Iris-", iris[,5], " ", 1:nrow(x1))View(x1)

Iris_modified row headers

vis <- largeVis::largeVis(x1)clustering <- largeVis::hdbscan(vis)largeVis::gplot(clustering,t(vis$coords), text = TRUE)

enter image description here


回答:

该函数本身没有直接的选项来显示行名,但它确实返回了一个ggplot对象,你可以向其中添加额外的层。这里是如何使用行名进行绘图的方法

library(ggplot2)pp <- largeVis::gplot(clustering,t(vis$coords), text = FALSE) +   geom_label(aes(label=rownames(x1)[label+1]), size=2.5, label.size=0.1, alpha=0.7)

在内部,它构建了一个数据框,并从0开始索引每个节点(这在R中并不常见)。我们可以使用这个索引查找该观察的行名,并将其用作标签。这里我保留了基本函数中默认选项的大部分样式设置。

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