我在Python 3.4中使用scikit-learn包的决策树分类器,我想为每个输入数据点获取对应的叶节点ID。
例如,我的输入可能如下所示:
array([[ 5.1, 3.5, 1.4, 0.2],
[ 4.9, 3. , 1.4, 0.2],
[ 4.7, 3.2, 1.3, 0.2]])
假设对应的叶节点分别是16、5和45。我希望我的输出是:
leaf_node_id = array([16, 5, 45])
我已经阅读了scikit-learn邮件列表和SF上的相关问题,但仍然无法使其工作。以下是我在邮件列表中找到的一些提示,但仍然不起作用。
http://sourceforge.net/p/scikit-learn/mailman/message/31728624/
最终,我只想有一个函数GetLeafNode(clf, X_valida),其输出是对应叶节点的列表。以下是重现我收到的错误的代码。因此,任何建议都将非常受欢迎。
from sklearn.datasets import load_irisfrom sklearn import tree# load data and divide it to train and validationiris = load_iris()num_train = 100X_train = iris.data[:num_train,:]X_valida = iris.data[num_train:,:]y_train = iris.target[:num_train]y_valida = iris.target[num_train:]# fit the decision tree using the train data setclf = tree.DecisionTreeClassifier()clf = clf.fit(X_train, y_train)# Now I want to know the corresponding leaf node id for each of my training data pointclf.tree_.apply(X_train)# This gives the error message below:---------------------------------------------------------------------------ValueError Traceback (most recent call last)<ipython-input-17-2ecc95213752> in <module>()----> 1 clf.tree_.apply(X_train)_tree.pyx in sklearn.tree._tree.Tree.apply (sklearn/tree/_tree.c:19595)()ValueError: Buffer dtype mismatch, expected 'DTYPE_t' but got 'double'
回答:
我最终成功了。以下是基于我在scikit-learn邮件列表中的消息的一个解决方案:
在scikit-learn版本0.16.1之后,apply方法在clf.tree_
中实现,因此,我按照以下步骤进行操作:
- 更新scikit-learn到最新版本(0.16.1),这样你就可以使用
clf.tree_
中的apply
方法 - 将输入数据数组(
X_train
,X_valida
)从float64
转换为float32
,使用:X_train = X_train.astype('float32')
- 现在你可以这样使用
apply
方法:clf.tree_.apply(X_train)
,你将得到每个数据点的叶节点ID。
以下是最终代码:
from sklearn.datasets import load_irisfrom sklearn import tree# load data and divide it to train and validationiris = load_iris()num_train = 100X_train = iris.data[:num_train,:]X_valida = iris.data[num_train:,:]y_train = iris.target[:num_train]y_valida = iris.target[num_train:]# convert data to float32X_train = X_train.astype('float32')# fit the decision tree using the train data setclf = tree.DecisionTreeClassifier()clf = clf.fit(X_train, y_train)# Now I want to know the corresponding leaf node id for each of my training data pointclf.tree_.apply(X_train)# This gives the leaf node id:array([1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2])