我的数据格式如下：

X,Y,sim(X,Y)

也就是说，这是一组三元组列表，其中包括：

• X，一个对象的名称；
• Y，另一个对象的名称；
• sim(X,Y)，表示两个对象之间距离的实数。

现在，我想对这些数据应用一些无监督聚类算法。我考虑使用Weka，但也乐意考虑其他替代方案。

回答：

有很多算法可以处理相似性矩阵：

• 层次连接聚类
• DBSCAN
• OPTICS
• 亲和传播
• 谱聚类

这里仅列举几种。至于软件，我更喜欢ELKI，它提供了更多的聚类选择。