使用sklearn的cross_val_score评估多个评分

我想使用sklearn评估多个机器学习算法的几个指标(准确率、召回率、精确率以及可能更多的指标)。

根据我从这里的文档和源代码(我使用的是sklearn 0.17)中了解到的,cross_val_score函数每次执行只能接收一个评分器。因此,要计算多个评分,我必须:

  1. 多次执行
  2. 实现我自己的(耗时且容易出错的)评分器

    我已经使用以下代码多次执行了:

    from sklearn.svm import SVCfrom sklearn.naive_bayes import GaussianNBfrom sklearn.tree import DecisionTreeClassifierfrom sklearn.cross_validation import  cross_val_scoreimport timefrom sklearn.datasets import  load_irisiris = load_iris()models = [GaussianNB(), DecisionTreeClassifier(), SVC()]names = ["Naive Bayes", "Decision Tree", "SVM"]for model, name in zip(models, names):    print name    start = time.time()    for score in ["accuracy", "precision", "recall"]:        print score,        print " : ",        print cross_val_score(model, iris.data, iris.target,scoring=score, cv=10).mean()    print time.time() - start

我得到了以下输出:

Naive Bayesaccuracy  :  0.953333333333precision  :  0.962698412698recall  :  0.9533333333330.0383198261261Decision Treeaccuracy  :  0.953333333333precision  :  0.958888888889recall  :  0.9533333333330.0494720935822SVMaccuracy  :  0.98precision  :  0.983333333333recall  :  0.980.063080072403

结果是可以接受的,但对于我自己的数据来说速度太慢了。我如何才能测量所有评分?


回答:

自从我写这篇文章以来,scikit-learn已经更新,我的答案已经过时,请看下面更简洁的解决方案


你可以编写自己的评分函数来捕获所有三种信息,但是在scikit-learn中,交叉验证的评分函数只能返回一个数字(这可能是为了兼容性原因)。下面是一个例子,其中每个交叉验证片段的每个评分都会打印到控制台上,返回的值只是三个指标的总和。如果你想返回所有这些值,你将不得不对cross_val_score(cross_validation.py的第1351行)和_score(同一文件的第1601行)进行一些修改。

from sklearn.svm import SVCfrom sklearn.naive_bayes import GaussianNBfrom sklearn.tree import DecisionTreeClassifierfrom sklearn.cross_validation import  cross_val_scoreimport timefrom sklearn.datasets import  load_irisfrom sklearn.metrics import accuracy_score, precision_score, recall_scoreiris = load_iris()models = [GaussianNB(), DecisionTreeClassifier(), SVC()]names = ["Naive Bayes", "Decision Tree", "SVM"]def getScores(estimator, x, y):    yPred = estimator.predict(x)    return (accuracy_score(y, yPred),             precision_score(y, yPred, pos_label=3, average='macro'),             recall_score(y, yPred, pos_label=3, average='macro'))def my_scorer(estimator, x, y):    a, p, r = getScores(estimator, x, y)    print a, p, r    return a+p+rfor model, name in zip(models, names):    print name    start = time.time()    m = cross_val_score(model, iris.data, iris.target,scoring=my_scorer, cv=10).mean()    print '\nSum:',m, '\n\n'    print 'time', time.time() - start, '\n\n'

这会得到以下结果:

Naive Bayes0.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333331.0 1.0 1.00.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.866666666667 0.904761904762 0.8666666666671.0 1.0 1.01.0 1.0 1.01.0 1.0 1.0Sum: 2.86936507937 time 0.0249638557434 Decision Tree1.0 1.0 1.00.933333333333 0.944444444444 0.9333333333331.0 1.0 1.00.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.866666666667 0.866666666667 0.8666666666670.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333331.0 1.0 1.01.0 1.0 1.0Sum: 2.86555555556 time 0.0237860679626 SVM1.0 1.0 1.00.933333333333 0.944444444444 0.9333333333331.0 1.0 1.01.0 1.0 1.01.0 1.0 1.00.933333333333 0.944444444444 0.9333333333330.933333333333 0.944444444444 0.9333333333331.0 1.0 1.01.0 1.0 1.01.0 1.0 1.0Sum: 2.94333333333 time 0.043044090271 

从scikit-learn 0.19.0开始,解决方案变得更加简单

from sklearn.model_selection import cross_validatefrom sklearn.datasets import  load_irisfrom sklearn.svm import SVCiris = load_iris()clf = SVC()scoring = {'acc': 'accuracy',           'prec_macro': 'precision_macro',           'rec_micro': 'recall_macro'}scores = cross_validate(clf, iris.data, iris.target, scoring=scoring,                         cv=5, return_train_score=True)print(scores.keys())print(scores['test_acc'])  

这会得到以下结果:

['test_acc', 'score_time', 'train_acc', 'fit_time', 'test_rec_micro', 'train_rec_micro', 'train_prec_macro', 'test_prec_macro'][ 0.96666667  1.          0.96666667  0.96666667  1.        ]

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