使用“predict”方法:对“train”类对象应用“predict”方法时无适用方法

我有一个模型(fit),基于截至上个月的历史信息。现在我想使用我的模型来预测本月的情况。当我尝试调用以下代码时:

predicted <- predict(fit, testData[-$Readmit])

我得到了以下错误:

Error in UseMethod("predict") : no applicable method for 'predict'    applied to an object of class "train"

注意事项:

  1. 该模型是通过caret包中的train函数创建的,使用了随机森林算法
  2. predict是一个通用函数,会根据第一个输入参数调用特定的预测函数。在我的情况下,它将是:

    >fit$modelInfo$label

    [1] "Random Forest"

因此,调用的预测方法将是:predict.randomForest。请参阅[caret文档][3]获取更多信息。

以下是生成模型和调用它的摘要源代码:

# 脚本1:创建模型fit <- train(testData[-$Readmit], testData$Readmit)saveRDS(fit, modelFileName) # 将fit对象保存到文件中# 脚本2:预测fit <- readRDS(modelFileName) # 加载之前生成的模型predicted <- predict(fit, testData[-$Readmit])

注意:生成模型的执行时间大约为3小时,这就是为什么我保存对象以便之后重用的原因。

训练模型的数据集结构如下:

> str(fit$trainingData)'data.frame':   29955 obs. of  27 variables:$ Acuity                : Factor w/ 3 levels "Elective  ","Emergency ",..: 2 2 2 1 1 2 2 2 1 1 ...$ AgeGroup              : Factor w/ 10 levels "100-105","65-70",..: 8 6 9 9 5 4 9 2 3 2 ...$ IsPriority            : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...$ QNXTReferToId         : int  115 1703712 115 3690 1948 115 109 512 481 1785596 ...$ QNXTReferFromId       : int  1740397 1724801 1711465 1704170 1714272 1731911 1535 1712758 1740614 1760252 ...$ iscasemanagement      : Factor w/ 2 levels "N","Y": 2 1 1 2 2 1 2 1 2 2 ...$ iseligible            : Factor w/ 2 levels "N","Y": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...$ referralservicecode   : Factor w/ 11 levels "12345","278",..: 1 1 1 9 9 1 1 6 9 9 ...$ IsHighlight           : Factor w/ 2 levels "N","Y": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...$ admittingdiagnosiscode: num  439 786 785 786 428 ...$ dischargediagnosiscode: num  439 0 296 786 428 ...$ RealLengthOfStay      : int  3 1 6 1 2 3 3 7 3 2 ...$ QNXTPCPId             : int  1740397 1724801 1711465 1704170 1714272 1731911 1535 1712758 1740614 1760252 ...$ QNXTProgramId         : Factor w/ 3 levels "QMXHPQ0839     ",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...$ physicalzipcode       : int  33054 33712 33010 33809 33010 33013 33142 33030 33161 33055 ...$ gender                : Factor w/ 2 levels "F","M": 1 1 1 1 2 1 1 2 2 1 ...$ ethnicitycode         : Factor w/ 4 levels "ETHN0001       ",..: 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 ...$ dx1                   : num  439 786 296 786 428 ...$ dx2                   : num  439 292 785 786 428 ...$ dx3                   : num  402 0 250 0 0 ...$ svc1                  : int  0 120 120 762 762 120 120 120 762 762 ...$ svc2                  : int  120 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...$ svc3                  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...$ Disposition           : Factor w/ 28 levels "0","APPEAL & GRIEVANCE REVIEW                                   ",..: 11 11 16 11 11 11 11 11 11 11 ...$ AvgIncome             : Factor w/ 10 levels "-1",">100k","0-25k",..: 3 6 3 8 3 4 3 5 4 4 ...$ CaseManagerNameID     : int  124 1 1 19 20 1 16 1 43 20 ...$ .outcome              : Factor w/ 2 levels "NO","YES": 1 2 2 1 1 1 2 2 1 1    ...

现在,testData的结构如下:

> str(testData[-$Readmit])'data.frame':   610 obs. of  26 variables:$ Acuity                : Factor w/ 4 levels "0","Elective  ",..: 3 2 4 2 2 2 4 3 3 3 ...$ AgeGroup              : Factor w/ 9 levels "100-105","65-70",..: 4 3 5 4 2 9 4 2 4 6 ...$ IsPriority            : int  0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 ...$ QNXTReferToId         : int  2140 482 1703785 1941 114 1714905 1703785 98 109 109 ...$ QNXTReferFromId       : int  1791383 1729375 1718532 1746336 1718267 1718267 1718532 98 109 109 ...$ iscasemanagement      : Factor w/ 2 levels "N","Y": 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 ...$ iseligible            : Factor w/ 2 levels "N","Y": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...$ referralservicecode   : Factor w/ 7 levels "12345","IPMAT          ",..: 5 1 1 1 1 1 1 5 1 5 ...$ IsHighlight           : Factor w/ 2 levels "N","Y": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...$ admittingdiagnosiscode: num  11440 11317 11420 11317 1361 ...$ dischargediagnosiscode: num  11440 11317 11420 11317 1361 ...$ RealLengthOfStay      : int  1 2 4 3 1 1 16 1 1 3 ...$ QNXTPCPId             : int  3212 1713678 1738430 1713671 1720569 1791640 1725962 1148 1703290 1705009 ...$ QNXTProgramId         : Factor w/ 2 levels "QMXHPQ0839     ",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...$ physicalzipcode       : int  34744 33175 33844 33178 33010 33010 33897 33126 33127 33125 ...$ gender                : Factor w/ 2 levels "F","M": 2 1 2 1 2 2 2 1 1 2 ...$ ethnicitycode         : Factor w/ 1 level "No Ethnicity   ": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...$ dx1                   : num  11440 11317 11420 11317 1361 ...$ dx2                   : num  11440 11317 11420 11317 1361 ...$ dx3                   : num  0 1465 0 11326 0 ...$ svc1                  : int  52648 27447 50040 27447 55866 55866 51595 0 99221 300616 ...$ svc2                  : int  76872 120 50391 120 120 38571 120 762 120 0 ...$ svc3                  : int  762 0 120 0 0 51999 0 0 0 762 ...$ Disposition           : Factor w/ 14 levels "0","DENIED- Not Medically Necessary                             ",..: 3 5 3 4 3 3 5 3 3 5 ...$ AvgIncome             : Factor w/ 10 levels "-1",">100k","0-25k",..: 6 7 5 9 3 3 6 4 3 4 ...$ CaseManagerNameID     : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 7 ...

变量结构是相同的,只是某些因子变量在测试数据中有不同的级别,因为某些变量有新值。例如:模型中的Acuity有3个级别,而在测试数据中有4个级别。

我事先没有办法知道所有变量的所有可能级别。

请提供一些建议…

提前感谢,

David


回答:

我想我找到了为什么会发生这种情况的原因…predict是一个来自stats包的通用函数。我使用命名空间::表示法来调用caret包中的函数(这是创建用户包的推荐做法),而caret包中对应的predict函数是:predict.train,这是一个内部函数,无法被外部应用程序调用。唯一调用此函数的方式是使用stats包中的通用predict函数,然后根据第一个输入参数的类别:predicted <- predict(fit, testData[-$Readmit])来识别将要调用的特定predict函数。

对于这个特定情况,此函数的类别是train,所以实际上它会调用caret包中的train.predict函数。此函数还会根据使用的算法(方法)处理所请求的特定预测函数,例如:predict.gbmpredict.glm等。这在caret的文档部分:“5.7 提取预测和类概率”中有详细说明。

因此,::表示法适用于包中的其他函数,例如:caret.train,但不适用于这个特定的predict函数。在这种情况下,需要显式加载库,以便内部可以调用predict.train函数。

简而言之,解决方案只是在调用predict函数之前添加以下一行代码:

library(caret)

然后错误就会消失。

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