我正在将许多列转换为虚拟变量。我想从数据框中删除原始的分类变量。我在sparklyr中苦于找出如何操作。在dplyr中这是很直接的,但dplyr的功能在sparklyr中不起作用。
例如:
首先创建一个Spark数据框:
###创建虚拟数据以了解模型矩阵公式在sparklyrv1 <- sample( LETTERS[1:4], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.1, 0.2, 0.65, 0.05))v2 <- sample( LETTERS[5:6], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.7,0.3))v3 <- sample( LETTERS[7:10], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.3, 0.2, 0.4, 0.1))v4 <- sample( LETTERS[11:15], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.1, 0.1, 0.3, 0.05,.45))v5 <- sample( LETTERS[16:17], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.4,0.6))v6 <- sample( LETTERS[18:21], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.1, 0.1, 0.65, 0.15))v7 <- sample( LETTERS[22:26], 50000, replace=TRUE, prob=c(0.1, 0.2, 0.65, 0.03,.02))v8 <- rnorm(n=50000,mean=.5,sd=.1)v9 <- rnorm(n=50000,mean=5,sd=3)v10 <- rnorm(n=50000,mean=3,sd=.5)response <- rnorm(n=50000,mean=10,sd=2)dat <- data.frame(v1,v2,v3,v4,v5,v6,v7,v8,v9,v10,response)write.csv(dat,file='fake_dat.csv',row.names = FALSE)#push "fake_dat" to the hdfslibrary(dplyr)library(sparklyr)#configure the spark session and connectconfig <- spark_config()config$`sparklyr.shell.driver-memory` <- "2G" #change depending on the size of the dataconfig$`sparklyr.shell.executor-memory` <- "2G"# sc <- spark_connect(master='local', spark_home='/usr/hdp/2.5.0.0-1245/spark',config = config)# scsc <- spark_connect(master='yarn-client', spark_home='/usr/hdp/2.5.0.0-1245/spark',config = config)sc#can also set spark_home as '/usr/hdp/current/spark-client'#read in the data from the hdfsdf <- spark_read_csv(sc,name='fdat',path='hdfs://pnhadoop/user/stc004/fake_dat.csv')#create spark tabledat <- tbl(sc,'fdat')
现在创建虚拟变量:
for(i in 1:7){ dat <- ml_create_dummy_variables(x=dat,colnames(dat)[i], reference = NULL)}
我可以简单地使用以下方法删除原始的分类变量:
drop.cols <- colnames(dat)[1:7]dat1 <- dat %>% select(-one_of(drop.cols))
然而,我实际处理的数据有300个分类变量。我需要一种快速的方法来识别哪些列是字符/因子类型。在将这些列转换为虚拟变量后,我可以删除原始的分类变量。我尝试了以下方法:
test <- dat %>% select_if(is.character)
然后我得到了以下错误:
Error: Selection with predicate currently require local sources
我也尝试了:
cls <- sapply(dat, class)cls
但我得到的是:
> cls src ops [1,] "src_spark" "op_base_remote" [2,] "src_sql" "op_base" [3,] "src" "op"
有什么想法吗?
回答:
称之为“最佳”可能有些夸张,但你可以尝试以下方法(使用purr
是为了方便):
columns_for_type <- function(sc, name, type="StringType") { spark_session(sc) %>% invoke("table", name) %>% # Get (name, type) tuples invoke("dtypes") %>% # Filter by type purrr::keep(function(x) invoke(x, "_2") == type) %>% purrr::map(function(x) invoke(x, "_1"))}
可以按以下方式使用:
library(sparklyr)library(dplyr)sc <- spark_connect(master = "local[*]")iris_tbl <- copy_to(sc, iris, name="iris", overwrite=TRUE)columns_for_type(sc, "iris", "StringType")
[[1]][1] "Species"
columns_for_type(sc, "iris", "DoubleType")
[[1]][1] "Sepal_Length"[[2]][1] "Sepal_Width"[[3]][1] "Petal_Length"[[4]][1] "Petal_Width"
结果可以传递给select_
:
iris_tbl %>% select_(.dots=columns_for_type(sc, "iris", "StringType"))
Source: query [150 x 1]Database: spark connection master=local[8] app=sparklyr local=TRUE Species <chr>1 setosa2 setosa3 setosa4 setosa5 setosa6 setosa7 setosa8 setosa9 setosa10 setosa# ... with 140 more rows
你可以通过取一行作为data.frame
来使用类似的方法:
iris_tbl %>% head(n=1) %>% as.data.frame %>% lapply(class)
但这需要额外的Spark操作。