R表格评估模型性能–观察类别与预测类别

我正在预测一个具有10个层次的变量,并使用rpart进行分类。生成表格的具体代码是

as.vector(t(table(predict(bb.rt,set[train,],type=”class”),response[train])))

但结果很差:观察类别→

预测类别↓

               1    2   3   4    5  6    7 8   9   10         1  26.0  0.0 0.6 0.0  0.0  0  0.0 0 0.0  0.2         10  0.2  0.0 0.0 0.0  0.4  0  0.0 0 0.4 12.8         2   0.0 45.6 0.6 1.4  0.6  0  0.0 0 0.0  0.0         3   0.2  0.0 6.0 0.0  0.0  0  0.0 0 0.0  0.0         4   0.0  0.2 0.0 3.4  0.0  0  0.0 0 0.0  0.0         5   0.0  0.0 0.0 0.0 11.8  0  0.0 0 0.0  0.0         6   0.0  0.0 0.0 0.0  0.0 19  0.0 0 0.0  0.0         7   0.0  0.8 0.0 0.0  0.0  0 16.8 0 0.0  0.0         8   0.0  0.0 0.0 0.0  0.0  0  0.0 4 0.0  0.0         9   0.0  0.0 0.0 0.0  0.0  0  0.0 0 9.4  0.6

预测类别按字母顺序排序,但观察类别未按此顺序排序。我需要它们以相同的方式排序,以便我可以比较对角线上的值与其他值。


回答:

如果我正确理解了您的问题,似乎您只是想要一个混淆矩阵

当然,手动计算这些并不难,但R的各种包中有(至少)十几个内置函数可以为您处理所有这些——数据处理、表格格式化、错误检查等。我在下方使用的内置函数还可以计算分类错误。

mda包有一个名为confusion的内置函数。使用方法如下:

> library(mda)> data(iris)> iris_fit = fda(Species ~., data=iris)> CM = confusion(predict(iris_fit, iris), iris$Species)> # 观察分类(真实)是按列排列的;> # 预测是按行排列的 > CM            true   predicted    setosa versicolor virginica   setosa         50          0         0   versicolor      0         48         1   virginica       0          2        49   attr(,"error")   [1] 0.02

同样,CRAN上的第三方包中有更多函数可以计算混淆矩阵。

使用sos包对R包空间进行快速搜索,得到以下结果:

> library(sos)> findFn("confusion", maxPages=5, sortby="MaxScore")

我故意将搜索限制在前5页的结果(返回了87个独立函数)。从这些结果中,其他具有混淆矩阵函数的R包包括:

  • zmisclassification.matrix 在fpc包中

  • panr.confusion 在pamr包中

  • confusion 在DAAG包中

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