Passage: 使用示例

有人使用过Passage(并行采样器生成器)吗?

它对我来说可能非常有用,但我在Github上找到的唯一文档是三行的README(https://github.com/cscherrer/passage),以及Hackage上的简短API说明。

一个简单的运行示例将会非常有帮助!


回答:

从高层次来看,Passage有两个重要的单子需要注意:BayesianNetworkBayesianSimulator

首先,您在BayesianNetwork单子中构建模型:

myModel :: Int -> BayesianNetwork (Node, Node, [Node])myModel n = do  mu <- normal 0 0.001  tau <- improperScale  xs <- replicateM n $ normal mu tau  return (mu, tau, xs)

这被指定为生成模型,因此任何非随机的东西(这里是数据点的数量n)必须作为参数传递。或者,我们也可以对n设置一个分布。

接下来,我们构建一个调用模型的模拟器:

mySim :: [Double] -> BayesianSimulator ()mySim xs0 = do  setThreadNum 4  let n = length xs0  (mu, tau, xs) <- model $ myModel n  forM (zip xs xs0) $ \(x, x0) -> observe x x0  monitor mu  monitor tau

最后,获取一些数据:

xs0 = [1, -1, 2, 2, 2, -2]

并运行模拟器:

main = genSimulator "myExample" (mySim xs0)

这将创建一个名为myExample的新目录,其中包含采样器的OpenMP代码。

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