KernelPCA 产生 NaN 值

在将 KernelPCA 应用于我的数据并将其传递给分类器(SVC)后,我遇到了以下错误:

ValueError: 输入包含 NaN、无穷大或对于 dtype(‘float64’) 来说过大的值。

在执行 KernelPCA 时,我还收到了以下警告:

RuntimeWarning: 在 sqrt 中遇到无效值 X_transformed = self.alphas_ * np.sqrt(self.lambdas_)

查看转换后的数据,我发现了几个 nan 值。

无论我使用哪种 kernel,情况都没有变化。我尝试了 cosinerbflinear

但有趣的是:

  • 我的原始数据只包含 0 到 1 之间的值(没有 infnan),它是用 MinMaxScaler 缩放的

  • 应用标准 PCA 有效,我认为这与使用 linear kernelKernelPCA 是相同的。

更多信息:

  • 我的数据是高维的(超过 8000 个特征)且大部分是稀疏的。
  • 我使用的是最新的 scikit-learn 版本,18.2

有什么办法可以克服这个问题,以及可能的原因是什么?


回答:

NaNs 的产生是因为输入矩阵的特征值(self.lambdas_)为负值,这会引发 ValueError,因为平方根不能处理负值。

可以通过设置 KernelPCA(remove_zero_eig=True, ...) 来解决这个问题,但这样做将无法保留数据的原始维度。使用此参数是最后的手段,因为模型的结果可能会出现偏差。

实际上,已经指出负特征值表明模型规格错误,这显然是不好的。避免这一事实而不损害数据维度的方法可能是减少原始特征的数量,这些特征之间高度相关。尝试构建相关矩阵,看看这些值是什么。然后,尝试省略冗余特征并再次拟合 KernelPCA()

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