我管理一个内部代码库，它严重依赖于glmnet包。在升级到最新版本（v3.0.2）后，我的Cox模型的系数单元测试开始失败。之前的glmnet版本是v2.0.16 (R 3.5.2)。我现在运行的是R v3.6.2。

我注意到有一个新的relax =参数，它似乎在路径中使用了非正则化拟合，我认为这可能会导致拟合的轻微差异，但是默认值是relax = FALSE，所以我怀疑这不是问题所在。

以下是一个基于mtcars数据集的reprex，拟合了两个随机选择的特征，并将两个变量重命名为time和status，以便能够拟合Cox模型。由于需要不同的R安装，正确的reprex比较很难，但这应该可以让任何人重现这个问题。

library(magrittr)library(dplyr)library(glmnet)dat <- mtcars %>%    select(mpg, disp, status = vs, time = hp) %>%   # 选择2个特征；分配时间和状态    mutate_at(1:2, ~ {      log10(.x) %>% subtract(mean(.)) %>% divide_by(sd(.))   # 中心化和缩放    }) %>% as.matrix()glmnet(dat[, 1:2], dat[, 3:4], family = "cox", lambda = 0)$beta   # 拟合模型

v3.0.2的结果是：

#> 2 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>              s0#> mpg   0.2293535#> disp -1.8160387

v2.0.16的结果是：

#> 2 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>              s0#> mpg   0.2154324#> disp -1.8172714

其他人是否也注意到了类似的差异？我有些惊讶没有发现其他人遇到同样的问题。我是否需要更新我所有的单元测试 🙁

非常感谢您的见解和/或解释。提前谢谢您。

回答：

评论稍微有点长：

• 我在Ubuntu 16.04上重现了你的结果（使用devtools::install_version()，见下文）。
• 从2.0-16到3.0-2跨越了几个版本（还有几个内部标记的未发布版本）：NEWS文件多次提到了coxnet（可能是内部调用的函数，用于family="cox"：

  • 2.0-20:
    • 修复了内部函数coxnet.deviance中关于输入pred的错误，以及饱和对数似然（缺失）和权重
    • 添加了一个coxgrad函数用于计算梯度

  • 2.0-19: 修复了coxnet中关于死亡集和风险集之间联系的错误

我建议使用

devtools::install_version("glmnet",version=...,lib=<version-specific>)

来安装从2.0-16到3.0-2（包括）之间的每一个版本，每个版本都安装在一个单独的库中，这样通过library("glmnet", lib.loc=...可以轻松加载不同的包版本，并通过二分法找到具体的变化。（中间版本未发布，所以你会从2.0-18跳到3.0。）

我猜是那些coxnetbug修复之一（有意或作为副作用）导致了这些变化。

如果它在一个可访问的git存储库中，你可以使用git bisect和本地副本来自动化这个过程（对于如此少的变更点可能不值得，但看起来开发树不可用：有一个很好的pkgdown网站，但我没有看到任何链接到版本控制系统的链接。

如果你有很多时间，你可以下载所有存档的tarball并搜寻其中的变化…