我想在R中使用for循环计算用于特征选择的t统计量。数据有155列,依赖变量是二元的(致突变 – 非致突变)。我想为每一列分配一个t统计量。问题是我不知道如何编写代码。
这是我在R中尝试实现的公式:
我还写了一些代码,但我不确定它的正确性,而且它只是针对第一列的。我需要用for循环为所有列编写代码。
abs(diff(tapply(train_df[,1], train_df$Activity, mean))) / sqrt(sd((train_df$NEG_01_NEG[train_df$Activity == "mutagen"])^2) / (length(train_df$NEG_01_NEG[train_df$Activity == "mutagen"])) + sd((train_df$NEG_01_NEG[train_df$Activity != "mutagen"])^2) / (length(train_df$NEG_01_NEG[train_df$Activity != "mutagen"])))
提前感谢!
回答:
如果你不担心速度(对于155列来说你可能不在乎),你可以使用t.test
函数并将其应用于每一列。
首先模拟一些数据
set.seed(1)DF <- data.frame(y=rep(1:2, 50), x1=rnorm(100), x2=rnorm(100), x3=rnorm(100))head(DF) y x1 x2 x31 1 -0.6264538 -0.62036668 0.40940182 2 0.1836433 0.04211587 1.68887333 1 -0.8356286 -0.91092165 1.58658844 2 1.5952808 0.15802877 -0.33090785 1 0.3295078 -0.65458464 -2.28523556 2 -0.8204684 1.76728727 2.4976616
然后我们可以使用公式参数将t.test
函数应用于除第一列之外的所有列。
group <- DF$ylapply(DF[,-1], function(x) { t.test(x ~ group)$statistic })
这将返回每列的测试统计量。
t.test
计算了很多你不需要的额外信息,因此你可以通过直接进行计算来大大加快速度,但在这里真的没有必要