我正在尝试使用scikit learn进行k均值聚类。因此,我使用肘部法来找到最佳的k值。
def elbow(df, n): kMeansVar = [KMeans(n_clusters=k).fit(df.values) for k in range(10, n)] centroids = [X.cluster_centers_ for X in kMeansVar] k_euclid = [cdist(df.values, cent) for cent in centroids] dist = [np.min(ke, axis=1) for ke in k_euclid] wcss = [sum(d**2) for d in dist] #代码运行到这里没有问题 tss = sum(pdist(df.values)**2)/df.values.shape[0] bss = tss - wcss plt.plot(bss) plt.show()
我的数据框有14列和188233行。当我尝试将整个数据框传递给函数时,内核崩溃了。当我尝试只传递一列时,内核仍然崩溃。我在排查问题时发现,代码运行到了函数中标记注释的那一行。请建议我如何解决这个问题。
回答:
为什么不使用k-means对象提供的inertia_
属性来避免重新计算所有距离呢?
这样你就不需要使用那个效率低下的数据结构的有问题的那一行了。