R foreach并行处理未导出函数(以C50为例)

我在尝试从C50模型中提取规则的同时进行并行处理。这个答案帮助我从模型对象中提取了规则。然而,由于我需要并行处理这些模型,我使用了foreach。这似乎与未导出的函数有问题,因为它无法看到数据对象。以下是一些可复制的代码:

library(foreach)library(doMC)registerDoMC(2)j = c(1,2)result = foreach(i = j) %dopar% {  library(C50)  d = iris  model <- C5.0(Species ~ ., data = d)  modParty <- C50:::as.party.C5.0(model)  return(modParty)}

在这种情况下,它只是计算了两次模型。在我的实际代码中,d 是一个总是变化的样本,它也是在foreach函数中生成的。

我的调试显示,问题出在modParty <- C50:::as.party.C5.0(model)这一行。它抛出了错误

错误在{ : 任务1失败 – “未找到对象’d'”

即使d在集群的每个工作节点上肯定是可用的。我通过logging包的loginfo(ls())将日志记录到文件中进行了检查。

为什么函数看不到对象d?任何帮助将不胜感激。

作为附加信息,这里是traceback()

> traceback()3: stop(simpleError(msg, call = expr))2: e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data)1: foreach(i = j) %dopar% {       library(C50)       d = iris       model <- C5.0(Species ~ ., data = d)       modParty <- C50:::as.party.C5.0(model)       return(modParty)   }

编辑

为了澄清:这与foreach无关。使用普通函数时也会出现相同的错误:

library(C50)d = irisgetC50Party = function(dat){  model <- C5.0(Species ~ ., data = dat)  modParty <- C50:::as.party.C5.0(model)  return(modParty)}c50Party = getC50Party(d)

错误在{ : 任务1失败 – “未找到对象’dat'”

问题在于as.party.C5.0试图从整个工作空间访问数据对象。


回答:

这是一个错误。我们确实遵循了Achim的建议,使用terms对象,除非我们搞错了情况

尝试通过github安装:

devtools::install_github("topepo/C5.0/pkg/C50")

您的示例在这个版本上可以工作。

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