在运行主函数时出现AssertionError

我在Python中实现了kmeans算法,代码如下。我使用了一些简单的数据来测试代码,这些数据存储在一个名为data.txt的文件中,如下所示:
2 5
3 7
-1 -2
-3 -3
5 4
4 -4
3 -7
3.5 -9

我的问题是在迭代过程中,一些聚类似乎变成了空的,即(聚类数量)< k,经过我的分析,这似乎是会发生的,但在网上搜索后,我发现没有人处理kmeans算法中的这个问题。

所以我不知道问题出在哪里?是因为我的测试数据太简单了吗?

import sysimport numpy as npfrom math import sqrt"""useage: python mykmeans.py mydata.txt k"""GAP = 2MIN_VAL = 1000000def get_distance(point1, point2):    dis = sqrt(pow(point1[0] - point2[0], 2) + pow(point1[1] - point2[1], 2))    return disdef cluster_dis(centroid, cluster):    dis = 0.0    for point in cluster:        dis += get_distance(centroid, point)    return disdef update_centroids(centroids, cluster_id, cluster):    x, y = 0.0, 0.0    length = len(cluster)    if length == 0:  # TODO:这是我的问题吗?我们需要检查这个吗?        return    for item in cluster:        x += item[0]        y += item[1]    centroids[cluster_id] = (x / length, y / length)def kmeans(data, k):    assert k <= len(data)    seed_ids = np.random.randint(0, len(data), k)    centroids = [data[idx] for idx in seed_ids]    clusters = [[] for _ in xrange(k)]    cluster_idx = [-1] * len(data)    pre_dis = 0    while True:        for point_id, point in enumerate(data):            min_distance, tmp_id = MIN_VAL, -1            for seed_id, seed in enumerate(centroids):                distance = get_distance(seed, point)                if distance < min_distance:                    min_distance = distance                    tmp_id = seed_id            if cluster_idx[point_id] != -1:                dex = clusters[cluster_idx[point_id]].index(point)                del clusters[cluster_idx[point_id]][dex]            clusters[tmp_id].append(point)            cluster_idx[point_id] = tmp_id        now_dis = 0.0        for cluster_id, cluster in enumerate(clusters):            now_dis += cluster_dis(centroids[cluster_id], cluster)            update_centroids(centroids, cluster_id, cluster)        delta_dis = now_dis - pre_dis        pre_dis = now_dis        if delta_dis < GAP:            break    print(centroids)    print(clusters)    return centroids, clustersdef get_data(file_name):    try:        fr = open(file_name)        lines = fr.read().splitlines()    except IOError, e:        pass    finally:        fr.close()    data = []    for line in lines:        tmp = line.split()        x, y = float(tmp[0]), float(tmp[1])        data.append([x, y])    return datadef main():    args = sys.argv[1:]    assert len(args) > 1    file_name, k = args[0], int(args[1])    data = get_data(file_name)    kmeans(data, k)if __name__ == '__main__':    main()

回答:

k-means算法可能会导致空聚类。这里有一个例子,以图示方式展示。我还复制了下面的图,以防链接有一天失效。

下面的第一张图显示了7个点的分布。初始时,3、5和6被选为聚类中心。

enter image description here

下面的’+’显示了第一次迭代后聚类中心的变化,相同颜色表示相应的点在同一个聚类中。

enter image description here

从下面的图中可以看到,经过两次迭代后,蓝色聚类变成了空的,实际上只有2个聚类,而不是初始设定的3个。

enter image description here

因此,空聚类可能是由于初始化和’不正确’的聚类数量造成的。你可以尝试在代码中使用不同的k值,并多次运行程序来观察聚类结果,使其更加robust。

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