一般来说,你能想到为什么会发生这种情况吗?(即在Python中出现MemoryError,而在IPython(控制台,不是笔记本)中没有?)
更具体地说,我在使用sklearn的sgdclassifier
,在multiclass
和multilabel
情况下。它在以下代码中报错:
model = SGDClassifier( loss='hinge', penalty='l2', n_iter=niter, alpha=alpha, fit_intercept=True, n_jobs=1)mc = OneVsRestClassifier(model)mc.fit(X, y)
在调用mc.fit(X, y)
时,出现以下错误:
File "train12-3b.py", line 411, in buildmodel mc.fit(X, y) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/multiclass.py", line 201, in fit n_jobs=self.n_jobs) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/multiclass.py", line 88, in fit_ovr Y = lb.fit_transform(y) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/base.py", line 408, in fit_transform return self.fit(X, **fit_params).transform(X) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/preprocessing/label.py", line 272, in transform neg_label=self.neg_label) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/preprocessing/label.py", line 394, in label_binarize Y = np.zeros((len(y), len(classes)), dtype=np.int)MemoryError
Y
是一个有600万行的矩阵和k
列,其中金标准标签为1,其余为0(在这种情况下,k = 21
,但我想超过2000)。即使Y
是以稀疏形式传入的,sklearn
也会将其转换为密集矩阵(因此Y = np.zeros((len(y), len(classes)), dtype=np.int)
导致MemoryError)。
我有60 GB的内存,对于21列来说,最多不应超过8 GB(600万 * 21 * 64),所以我很困惑。我将Y = np.zeros((len(y), len(classes)), dtype=np.int
改为使用dtype = bool
,但没有效果。
有什么想法吗?
回答:
听起来你遇到了当前标签二值化器实现的限制:请参见问题#2441。有一个PR #2458来修复这个问题。
请随时尝试那个分支,并将你的结果作为评论报告给那个PR。