如何在使用tidymodels调整workflowset时正确设置参数网格?

我尝试使用tidymodels来调整包含配方和模型参数的工作流程。当调整单个工作流程时没有问题。但是在调整包含多个工作流程的workflowsets时总是失败。以下是我的代码:

# 读取训练数据train <- read_csv("../../train.csv")train <- train %>%     mutate(      id = row_number(),      across(where(is.double), as.integer),      across(where(is.character), as.factor),      r_yn = fct_relevel(r_yn, "yes")) %>%   select(id, r_yn, everything())# 设置配方# 无预处理rec_no <- recipe(r_yn ~ ., data = train) %>%  update_role(id, new_role = "ID")# 下采样:调整under_ratiorec_ds_tune <- rec_no %>%   step_downsample(r_yn, under_ratio = tune(), skip = TRUE, seed = 100) %>%  step_nzv(all_predictors(), freq_cut = 100)# 设置模型# 随机森林spec_rf_tune <- rand_forest(trees = 100, mtry = tune(), min_n = tune()) %>%  set_engine("ranger", seed = 100) %>%  set_mode("classification")# xgboostspec_xgb_tune <- boost_tree(trees = 100, mtry = tune(), tree_depth = tune(), learn_rate = tune(), min_n = tune()) %>%    set_engine("xgboost") %>%    set_mode("classification")# 设置workflowsetswf_tune_list <- workflow_set(  preproc = list(no = rec_no, ds = rec_ds_tune),  models = list(rf = spec_rf_tune, xgb = spec_xgb_tune),  cross = TRUE)# 最终确定参数,我不确定是否正确rf_params <- spec_rf_tune %>% parameters() %>% update(mtry = mtry(c(1, 15)))xgb_params <- spec_xgb_tune %>% parameters() %>% update(mtry = mtry(c(1, 15)))ds_params <- rec_ds_tune %>% parameters() %>% update(under_ratio = under_ratio(c(1, 5)))wf_tune_list_finalize <- wf_tune_list %>%   option_add(param = ds_params, id = c("ds_rf", "ds_xgb")) %>%   option_add(param = rf_params, id = c("no_rf", "ds_rf")) %>%   option_add(param = xgb_params, id = c("no_xgb", "ds_xgb"))

我检查了wf_tune_list_finalize中的option,显示如下:

> wf_tune_list_finalize$option[[1]]一个包含名称的选项列表:  'param'[[2]]一个包含名称的选项列表:  'param'[[3]]一个包含名称的选项列表:  'param'[[4]]一个包含名称的选项列表:  'param'

然后我调整这个workflowset:

# 调整workflowsetcl <- makeCluster(detectCores())registerDoParallel(cl)wf_tune_race <- wf_tune_list_finalize %>%  workflow_map(fn = "tune_race_anova",               seed = 100,               resamples = cv_5,               grid = 3,               metrics = metric_auc,               control = control_race(parallel_over = "everything"),                verbose = TRUE)stopCluster(cl)

详细信息显示我的参数在工作流程ds_rfds_xgb中出了问题:

i 1 of 4 tuning:     no_rfi 创建预处理数据以最终确定未知参数: mtry�� 1 of 4 tuning:     no_rf (1m 44.4s)i 2 of 4 tuning:     no_xgbi 创建预处理数据以最终确定未知参数: mtry�� 2 of 4 tuning:     no_xgb (28.9s)i 3 of 4 tuning:     ds_rfx 3 of 4 tuning:     ds_rf 失败,原因是:一些调整参数需要最终确定,但有一些配方参数需要调整。请使用`parameters()`来最终确定参数范围。i 4 of 4 tuning:     ds_xgbx 4 of 4 tuning:     ds_xgb 失败,原因是:一些调整参数需要最终确定,但有一些配方参数需要调整。请使用`parameters()`来最终确定参数范围。

结果是:

> wf_tune_race# A workflow set/tibble: 4 x 4  wflow_id info             option      result          <chr>    <list>           <list>      <list>        1 no_rf    <tibble [1 x 4]> <wrkflw__ > <race[+]>     2 no_xgb   <tibble [1 x 4]> <wrkflw__ > <race[+]>     3 ds_rf    <tibble [1 x 4]> <wrkflw__ > <try-errr [1]>4 ds_xgb   <tibble [1 x 4]> <wrkflw__ > <try-errr [1]>

此外,虽然no_rfno_xgb有调整结果,但我发现这两个工作流程中的mtry范围并不是我上面设置的范围,这意味着参数范围设置步骤完全失败。我已经按照https://www.tmwr.org/workflow-sets.htmlhttps://workflowsets.tidymodels.org/的教程进行了操作,但仍然没有找到解决方法。

那么,在调整workflowsets时,如何正确设置配方和模型参数呢?

我代码中的train.csv在这里:https://github.com/liuyifeikim/Some-data


回答:

我已经修改了参数设置步骤,现在调整结果是正确的:

# 分别在每个工作流程上设置参数no_rf_params <- wf_set_tune_list %>%   extract_workflow("no_rf") %>%   parameters() %>%   update(mtry = mtry(c(1, 15)))no_xgb_params <- wf_set_tune_list %>%   extract_workflow("no_xgb") %>%   parameters() %>%   update(mtry = mtry(c(1, 15)))ds_rf_params <- wf_set_tune_list %>%   extract_workflow("ds_rf") %>%   parameters() %>%   update(mtry = mtry(c(1, 15)), under_ratio = under_ratio(c(1, 5)))ds_xgb_params <- wf_set_tune_list %>%   extract_workflow("ds_xgb") %>%   parameters() %>%   update(mtry = mtry(c(1, 15)), under_ratio = under_ratio(c(1, 5)))# 更新workflowsetwf_set_tune_list_finalize <- wf_set_tune_list %>%   option_add(param_info = no_rf_params, id = "no_rf") %>%  option_add(param_info = no_xgb_params, id = "no_xgb") %>%   option_add(param_info = ds_rf_params, id = "ds_rf") %>%   option_add(param_info = ds_xgb_params, id = "ds_xgb")

其余部分保持不变。我认为可能有一些更有效的方法来设置参数。

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