我想在我的分析中实现一个提升决策树。但我的数组中的条目长度不一,因此该数组无法直接转换为numpy或pandas格式。
有没有什么方法可以将现有的机器学习库与awkward数组一起使用?
回答:
您的机器学习库可能假设数组是NumPy数组,而不识别ak.Array
。这个问题本身很容易解决:调用np.to_numpy(或等同地,使用np.asarray进行转换),将其转换为机器学习库所期望的格式。顺便提一下,还有ak.to_pandas可以创建一个DataFrame,其中变长嵌套列表通过MultiIndex表示(有限制:只能有一个嵌套列表,因为DataFrame只有一个索引)。
以上是我称之为“品牌”问题:机器学习库只是不识别ak.Array
这种“品牌”的数组,所以我们重新标记它。但还有一个更根本的问题:所讨论的机器学习算法是否本质上需要矩形数据?例如,前馈神经网络将N维输入映射到M维输出;每个输入的N和M不能不同。即使不使用Awkward Array,这也是一个问题。在高能物理中,旧的解决方案是将变长数据通过循环神经网络运行(从而忽略列表之间的边界,并对它们施加不相关的顺序),而新的解决方案似乎是图神经网络(这在理论上是更正确的方法)。
我注意到一些机器学习库正在引入它们自己的“锯齿数组”,这是Awkward Array提供的最小结构:TensorFlow有RaggedTensors和PyTorch正在获取NestedTensors。然而,我不知道这些数据类型在多大程度上已经整合到机器学习算法中。如果它们已经整合了,那么Awkward Array应该得到ak.to_tensorflow
和ak.to_pytorch
来补充ak.to_numpy
和ak.to_pandas
,作为将数据发送到这些库时保留锯齿性的方式。希望它们能够在他们的机器学习算法中使用这种锯齿性!(否则,有什么意义呢?但我没有密切关注这些发展。)
您对提升决策树(BDTs)感兴趣。我想不出如何将决策树模型,无论是否提升,适应不同长度的输入…或者也许我可以:决策树的节点根据N维输入中的一个索引值选择将数据传递到哪个子树。这并不意味着有一个最大索引值N,虽然特定的树会有一组它分割的索引,并且这组会有一个最大值(因为树是有限的!)。在输入只有n < k个元素的情况下,应用想要在索引k上分割的树,必须有如何分割的应急方案,但已经有方法可以将决策树应用于包含缺失值的数据集。具有n个元素的输入数据可以被视为一个输入,其中大于n的索引被视为缺失值。要训练这样的BDT,您必须给它提供输入,其中在每个列表的最大元素之外有缺失值。
在Awkward Array中,执行此操作的函数是ak.pad_none。如果您知道样本中列表的最大长度(ak.num和ak.max),您可以填充整个数组,使所有列表具有相同的长度,并在末尾添加缺失值。如果您设置clip=True
,那么生成的数组类型是“规则的”,它不再考虑列表可能具有与所选长度不同的长度的可能性。如果您将这样的数组传递给np.to_numpy(而不是np.asarray),那么它会变成一个NumPy掩码数组,一个期望缺失值的BDT算法应该能够识别它。
这个计划的唯一问题是,将每个列表填充到与最大长度列表相同的长度会使用更多内存。如果BDT算法意识到锯齿性(就像TensorFlow和即将推出的PyTorch对锯齿性的认识一样),那么它应该能够制作这些树并将它们应用于数据,而无需内存填充步骤。我不知道是否有这样的BDT实现,但如果有人想编写一个“接受锯齿数组的带有缺失值的BDT”,我很乐意帮助他们使用Awkward Arrays来设置它!