我使用RDKIT库成功将单个SMILES转换为独热编码，但在尝试转换包含SMILES的整个.csv文件时遇到了错误。

成功实验：

 new = 'O=C(O)C1=C(N2N=CC=N2)C=CC(N)=N1'   output :   array([[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],   [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],   [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],   ...,   [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],   [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],   [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.]])

但在尝试转换多个SMILES时，我遇到了以下错误

   TypeError: No registered converter was able to produce a C++ rvalue of type class    std::basic_string<wchar_t,struct std::char_traits<wchar_t>,class std::allocator<wchar_t> > from     this Python object of type DataFrame

我分享了我的代码文件，你可以查看那个演示

实验代码

演示数据集

如果有人能帮我，请告诉我。

回答：

Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles( smiles )) 只能一次转换一个SMILES，但你尝试转换了整个数据框。你需要遍历数据框中的SMILES。

这应该可以工作。

df = pd.read_csv('RouteSynthesisPrediction_o2h.csv')for smi in df['Target']:    smiles = Chem.CanonSmiles(smi)    mat = smiles_encoder(smiles)    dec = smiles_decoder(mat)    print(mat)    print(smi)    print(smiles)    print(dec)    print()

输出：

[[0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] ... [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.]]O=C(O)C1=C(N2N=CC=N2)C=CC(N)=N1Nc1ccc(-n2nccn2)c(C(=O)O)n1Nc1ccc(-n2nccn2)c(C(=O)O)n1[[0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] ... [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.]]O=C(OC)C1=C(N2N=CC=N2)C=CC(N)=N1COC(=O)c1nc(N)ccc1-n1nccn1COC(=O)c1nc(N)ccc1-n1nccn1...